小分子活性肽作为疫苗、诊断试剂、药物以及药物先导化合物已成为药物研究领域的新趋势。小分子活性肽有多种筛选方法:基于噬菌体展示肽库、随机合成多肽库、反义多肽库、蛋白质降解(酶法、化学法)、MHC-多肽复合物、蛋白质结构和蛋白质结构预测等。
噬菌体展示肽库筛选是比较成熟的筛选方法。通过3轮筛选,可获得较理想的菌株,通过DNA测序推测其表达的小分子肽序列,再通过定向合成来验证小分子肽的生物活性。其缺点是库容多样性易受到多种因素的影响,且获得的是小分子肽亲和力较低。
随机合成肽库可根据客户的需求进行合成,通常生产周期短,库容大,合成一个含10个氨基酸的肽库,其库容可达到1012。通常随机合成肽库有2中合成方法:分开再混合(split and mix)和氨基酸预混合(pre-mix)。分开再混合的方法获得的肽库,其不同序列的含量较一致且每个树脂球只含有一种多肽。氨基酸预混合法获得的肽库,其不同序列的含量千差万别,可能会造成筛选失败。由于库容过于庞大,对筛选到的活性多肽进行结构鉴定是非常具有挑战性的一项工作。
反义肽库筛选,反义肽库是根据生物学原理设计的肽库,其筛选成功率高,但需要确定目标蛋白关键区域的氨基酸序列。通常可以运用Clustal X等生物信息分析软件进行比对分析确定关键区域的氨基酸序列。氨基酸序列确定后,根据Meker-Idlis(M-I)理论,设计反义肽库。此时,可以直接合成反义肽库进行多肽筛选,也可以通过软件(Discovery Studio)进行模拟筛选获得容量更小的肽库。此类筛选方法由于目标明确且肽库库容较小(一个含10个氨基酸的反义肽库,其库容仅103。),较容易筛选到目标多肽并进行结构确认。
筛选到目标多肽后,可以通过构建不同的多肽文库,进行功能区域的确认和筛选到活性更强的多肽。
对于筛选到的多肽序列,可以通过:多位点扫描随机多肽文库、对多肽序列进行优化,筛选到活性更强的多肽序列。
单位点扫描矩阵的设计比较简单。多肽某个选定的区域或位点被系统地用其他氨基酸替换,这类肽库有助于研究人员发现在某个特定位置上具有特殊影响或活性的特定区域。
多位点扫描随机多肽文库相对比较复杂。此多肽文库的设计是以20种天然氨基酸通过鸟枪式法(shotgun approach)同时地、随机地取代被选择的氨基酸残基。此多肽文库在被选择的氨基酸中构建了尽可能多的突变。这类文库可筛选到活性增强的多肽序列。此方法设计的多肽文库,库容大且筛选工作量大,同时进行三位点的筛选其库容即达到8000条。采用peptidegoTM专有组合化学策略,可以大大降低多肽合成数量及筛选工作量,对于三位点的筛选,其筛选工作量和多肽的生产费用可降低至800条。采用peptidegoTM专有组合化学策略,使更多位点同时扫描成为可能。
版权与免责声明:本网页的内容由收集互联网上公开发布的信息整理获得。目的在于传递信息及分享,并不意味着赞同其观点或证实其真实性,也不构成其他建议。仅提供交流平台,不为其版权负责。如涉及侵权,请联系我们及时修改或删除。邮箱:sales@allpeptide.com