蛋白质组学实验中心现已建设有两条大规模蛋白质组学数据产生线，包括一套以2D-gel为主要分离基础的MALDI-TOF/TOF通量化样品分析平台和一套以LC-MS/MS为基础的ESI通量化样品分析平台，可实现蛋白序列鉴定和蛋白结构（如修饰）鉴定。其中以LC-MS/MS为基础的通量化技术平台所依靠的主要仪器，也有二个类型，一个是通过LC偶联点靶仪，上ultrafleXtreme MALDI-TOF/TOF质谱仪分析，另一个是LC分离的样品进Amazon ETD离子阱。主要依靠Advance nano-LC色谱仪，或U3000二维纳升液相色谱仪完成样品分离。

依托LC-MS/MS平台，可以为生物体内全蛋白混合物提供高通量的分离和鉴定。该平台将在“蛋白质组学”、“代谢组学”、“脂质组学”、“中药现代化”、“多肽组学”、“免疫组学”、“生命环境科学”等多个领域开展深层次研究。

2012年10月16---19日，实验中心完成了对LC-MS/MS其中一条路径的培训，即戴安2D nano-LC，amazon ETD 离子阱质谱联用应用培训。在培训期间，实验室工作人员和生科院相关教师进行了样品前处理及质谱测试，进行了技术的交流。此外，还对院里面李建宏教授，殷志敏教授，李斌教授等老师的样品进行了分析，得到了比较好的结果。