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N端氨基：N-terminal amino group。在肽或多肽链中含有游离a-氨基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将N端放在肽链的左边。

羟脯氨酸：hydroxyproline。系统命名为 3-羟基脯氨酸（3Hyp）或 4-羟基脯氨酸（4Hyp）。是从脯氨酸衍生而来的一种亚氨基酸。胶原中约 50%的脯氨酸被羟基化成为4Hyp和少量 3Hyp。Hyp也存在于弹性蛋白、牙齿珐琅和伸展蛋白中。符号：HyPro，HyP。反式-4-羟基-L-脯氨酸（Hyp）是脯氨酸的一种羟基化变体。虽然Hyp不是天然编码的，但它存在于多种哺乳动物蛋白质（如胶原蛋白、弹性蛋白和argonaute 2）以及植物蛋白质（如植物细胞壁中的糖蛋白（HRGPs））中。

丙氨酸：alanine。L-丙氨酸的系统命名为(2S)-氨基丙酸，是编码氨基酸，也叫L-α-丙氨酸。符号：A，Ala。D-丙氨酸存在于多种细菌细胞壁的糖肽中。β-丙氨酸是维生素泛酸和辅酶A的组分。

C端羧基：C-terminal carboxyl group。在肽或多肽链中含有游离羧基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将C端放在肽链的右边。