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N端Fmoc保护，9-芴甲氧羰基（Fmoc）是伯胺和仲胺的保护基团。在固相肽合成（SPPS）中，它是氨基酸主链的常用保护基，因为它可以很容易地用哌啶去除，而不会干扰树脂和肽之间的酸不稳定连接体。

侧链tBu保护的D型丝氨酸，叔丁基醚保护基团在Fmoc-SPPS中常用于保护丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸和羟脯氨酸的含羟基侧链，并可用强酸如三氟乙酸（TFA）去除。

C端羧基：C-terminal carboxyl group。在肽或多肽链中含有游离羧基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将C端放在肽链的右边。