通常多肽的书写有两种形式，单字母形式和三字母形式，不管是哪一种形式，所表达的多肽结构都是唯一的，这样避免出现分歧。另外国际上统一规定：多肽的N端（氮端）在最左边，多肽的C端（碳端）在最右边。
一、多肽的单字母书写形式
什么叫单字母？
顾名思义就是一个字母代表一个氨基酸，通常用大写字母表示，如A代表丙氨酸、C代表半胱氨酸。如果是小写的话，代表对应氨基酸是D型的，如小写字母a代表D型丙氨酸、小写字母c代表D型半胱氨酸。
多肽单字母书写举例
1，多肽1序列: AGYFKVCM，共8个氨基酸，所有字母均是大写，说明所有的氨基酸均是天然存在的L型氨基酸。
2，多肽2序列：AGYFkvcm，共8个氨基酸，右边（C端）的四个氨基酸是小写，说明对应的四种氨基酸是和L型对称的D型氨基酸。
3，多肽1序列AGYFKVCM 也可以写成H-AGYFKVCM-OH，左边的H- 代表N端的氨基，可以写出来，也可以省略。右边的-OH 代表C端的羧基，同样可以写出来，也可以省略。不过通常为了美观整齐，H-和-OH同时写或同时不写。
4，多肽3序列：AGYFKVCM-NH2，与多肽1的区别是，右边多了-NH2，代表着C端酰胺化。
二、多肽的三字母书写形式
什么叫三字母？
顾名思义就是三个字母代表一个氨基酸，并且三字母和前面提到的单字母是一一对应关系。三个字母中，第一个字母大写，第二和第三个字母小写，如Ala 也是代表丙氨酸、Cys代表半胱氨酸。
多肽三字母书写举例
1，多肽1序列对应的三字母书写为：H-Ala-Gly-Tyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH，左侧“H”可以写为“H2N”，右侧“OH”可以写为“COOH”。
2，多肽3序列对应的三字母书写为：H-Ala-Gly-Tyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-NH2，C端酰胺化，左侧“H”可以写为“H2N”，右侧“NH2”可以写为“CONH2”。
三、特殊氨基酸书写，下面介绍几个常见的书写。
1，N端封端的书写，通常是乙酰封端，写法为Ac-Ala-Gly-Tyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH.
2， 磷酸化氨基酸的书写，H-Ala-Gly-pTyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH，AG-pY-FKVCM、H-Ala-Gly-Tyr(PO3H2)-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH，数字3和2 可以下标。
3，D型氨基酸的书写，单字母通常用小写表述，如多肽1中F变成对应的D型，
4，举例：
单字母：AGYfKVCM
三字母：H-Ala-Gly-Tyr-D-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH
