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N端Fmoc保护，9-芴甲氧羰基（Fmoc）是伯胺和仲胺的保护基团。在固相肽合成（SPPS）中，它是氨基酸主链的常用保护基，因为它可以很容易地用哌啶去除，而不会干扰树脂和肽之间的酸不稳定连接体。

侧链tBu保护的苏氨酸，叔丁基醚保护基团在Fmoc-SPPS中常用于保护丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸和羟脯氨酸的含羟基侧链，并可用强酸如三氟乙酸（TFA）去除。

侧链Boc保护的赖氨酸；叔丁氧羰基或叔丁氧羰基（Boc）是胺的保护基团。Boc基团可用强酸去除，如用三氟乙酸在二氯甲烷中去除，或用HCl在甲醇中去除。

侧链OtBu保护的天冬氨酸

L-亮氨酸：leucine。系统命名为(2S)-氨基-4-甲基戊酸。是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：L，Leu。

侧链Boc保护的赖氨酸；叔丁氧羰基或叔丁氧羰基（Boc）是胺的保护基团。Boc基团可用强酸去除，如用三氟乙酸在二氯甲烷中去除，或用HCl在甲醇中去除。

侧链OtBu保护的谷氨酸

侧链Boc保护的赖氨酸；叔丁氧羰基或叔丁氧羰基（Boc）是胺的保护基团。Boc基团可用强酸去除，如用三氟乙酸在二氯甲烷中去除，或用HCl在甲醇中去除。

侧链Boc保护的赖氨酸；叔丁氧羰基或叔丁氧羰基（Boc）是胺的保护基团。Boc基团可用强酸去除，如用三氟乙酸在二氯甲烷中去除，或用HCl在甲醇中去除。

侧链OtBu保护的谷氨酸

L-缬氨酸：valine。系统命名为(2S)-氨基-3-甲基丁酸。是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：V，Val。在某些放线菌素如缬霉素中存在 D-缬氨酸。

L-缬氨酸：valine。系统命名为(2S)-氨基-3-甲基丁酸。是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：V，Val。在某些放线菌素如缬霉素中存在 D-缬氨酸。

侧链OtBu保护的谷氨酸

侧链OtBu保护的谷氨酸

丙氨酸：alanine。L-丙氨酸的系统命名为(2S)-氨基丙酸，是编码氨基酸，也叫L-α-丙氨酸。符号：A，Ala。D-丙氨酸存在于多种细菌细胞壁的糖肽中。β-丙氨酸是维生素泛酸和辅酶A的组分。

侧链OtBu保护的谷氨酸

侧链Trt保护的天冬酰胺

C端羧基：C-terminal carboxyl group。在肽或多肽链中含有游离羧基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将C端放在肽链的右边。