Abz-GIVRAK(Dnp)，一种非常有效和选择性的 FRET 底物，用于人类组织蛋白酶 B（Km = 5.9 µM，kcat = 43 s⁻¹，kcat/Km = 7288 mM⁻¹s⁻¹）。组织蛋白酶 K、L、V、X 和 cruzain 的 kcat/Km 值分别为 133.3、100、32、17 和 75 mM⁻¹s⁻¹。
编号：200004
CAS号：827044-38-2
单字母：Abz-GIVRA-K(Dnp)-OH
| 编号: | 200004 |
| 中文名称: | 六肽Abz-Gly-Ile-Val-Arg-Ala-Lys(Dnp) |
| CAS号: | 827044-38-2 |
| 单字母: | Abz-GIVRA-K(Dnp)-OH |
| 三字母: | Abz N端Abz修饰 -Gly甘氨酸 -Ile异亮氨酸 -Val缬氨酸 -Arg精氨酸 -Ala丙氨酸 -Lys(Dnp)侧链Dnp保护的赖氨酸 -OHC端羧基 |
| 氨基酸个数: | 6 |
| 分子式: | C41H61N13O12 |
| 平均分子量: | 928 |
| 精确分子量: | 927.46 |
| 等电点(PI): | - |
| pH=7.0时的净电荷数: | 1 |
| 平均亲水性: | -0.2 |
| 疏水性值: | 1.12 |
| 消光系数: | - |
| 来源: | 人工化学合成，仅限科学研究使用，不得用于人体。 |
| 储存条件: | 负80℃至负20℃ |
| 标签: | 侧链保护基肽 阿尔兹海默症 |
Abz-GIVRAK(Dnp), a very efficient and selective FRET substrate for human cathepsin B (Km = 5.9 µM, kcat = 43 s⁻¹, kcat/Km = 7288 mM⁻¹s⁻¹). The kcat/Km values for cathepsin K, L, V, X, and cruzain were 133.3, 100, 32, 17, and 75 mM⁻¹s⁻¹, respectively.
| DOI | 名称 | |
|---|---|---|
| 10.1016/j.ab.2004.09.012 | Positional-scanning combinatorial libraries of fluorescence resonance energy transfer peptides to define substrate specificity of carboxydipeptidases: assays with human cathepsin B | 下载 |
| 10.1111/j.1742-4658.2009.07171.x | Regulation of cathepsin B activity by 2A2 monoclonal antibody | 下载 |
| 10.1002/anie.201405727 | Multiple stable conformations account for reversible concentration-dependent oligomerization and autoinhibition of a metamorphic metallopeptidase | 下载 |
| 10.1074/jbc.M113.476580 | A novel family of soluble minimal scaffolds provides structural insight into the catalytic domains of integral membrane metallopeptidases | 下载 |
多肽Abz-Gly-Ile-Val-Arg-Ala-Lys(Dnp)-COOH的合成步骤：
1、合成CTC树脂：称取1.21g CTC Resin（如初始取代度约为0.99mmol/g）和1.44mmol Fmoc-Lys(Dnp)-OH于反应器中，加入适量DCM溶解氨基酸（需要注意，此时CTC树脂体积会增大好几倍，避免DCM溶液过少），再加入3.59mmol DIPEA（Mw：129.1,d：0.740g/ml），反应2-3小时后，可不抽滤溶液，直接加入1ml的HPLC级甲醇，封端半小时。依次用DMF洗涤2次，甲醇洗涤1次，DCM洗涤一次，甲醇洗涤一次，DCM洗涤一次，DMF洗涤2次（这里使用甲醇和DCM交替洗涤，是为了更好地去除其他溶质，有利于后续反应）。得到 Fmoc-Lys(Dnp)-CTC Resin。结构图如下：
2、脱Fmoc：加3倍树脂体积的20%Pip/DMF溶液，鼓氮气30分钟，然后2倍树脂体积的DMF 洗涤5次。得到 H2N-Lys(Dnp)-CTC Resin 。（此步骤脱除Fmoc基团，茚三酮检测为蓝色，Pip为哌啶）。结构图如下：
3、缩合：取3.59mmol Fmoc-Ala-OH 氨基酸，加入到上述树脂里，加适当DMF溶解氨基酸，再依次加入7.19mmol DIPEA，3.41mmol HBTU。反应30分钟后，取小样洗涤，茚三酮检测为无色。用2倍树脂体积的DMF 洗涤3次树脂。（洗涤树脂，去掉残留溶剂，为下一步反应做准备）。得到Fmoc-Ala-Lys(Dnp)-CTC Resin。氨基酸：DIPEA：HBTU：树脂=3：6：2.85：1（摩尔比）。结构图如下：
4、依次循环步骤二、步骤三，依次得到
H2N-Ala-Lys(Dnp)-CTC Resin
Fmoc-Arg(Pbf)-Ala-Lys(Dnp)-CTC Resin
H2N-Arg(Pbf)-Ala-Lys(Dnp)-CTC Resin
Fmoc-Val-Arg(Pbf)-Ala-Lys(Dnp)-CTC Resin
H2N-Val-Arg(Pbf)-Ala-Lys(Dnp)-CTC Resin
Fmoc-Ile-Val-Arg(Pbf)-Ala-Lys(Dnp)-CTC Resin
H2N-Ile-Val-Arg(Pbf)-Ala-Lys(Dnp)-CTC Resin
Fmoc-Gly-Ile-Val-Arg(Pbf)-Ala-Lys(Dnp)-CTC Resin
以上中间结构，均可在专肽生物多肽计算器-多肽结构计算器中，一键画出。
最后再经过步骤二得到 H2N-Gly-Ile-Val-Arg(Pbf)-Ala-Lys(Dnp)-CTC Resin，结构如下：
5、邻氨基苯甲酸反应连接：在上述树脂中，加入适当DMF后，再加入3.59mmol 邻氨基苯甲酸到树脂中，再加入7.19mmol DIPEA、3.41mmol HBTU，鼓氮气反应30分钟。用2倍树脂体积的DMF 洗涤3次树脂（洗涤树脂，去掉残留溶剂，为下一步反应做准备）。 得到Abz-Gly-Ile-Val-Arg(Pbf)-Ala-Lys(Dnp)-CTCResin。 结构如下：
6、切割：6倍树脂体积的切割液（或每1g树脂加8ml左右的切割液），摇床摇晃 2小时，过滤掉树脂，用冰无水乙醚沉淀滤液，并用冰无水乙醚洗涤沉淀物3次，最后将沉淀物放真空干燥釜中，常温干燥24小试，得到粗品Abz-Gly-Ile-Val-Arg-Ala-Lys(Dnp)-COOH。结构图见产品结构图。
切割液选择：1）TFA：H2O=95%：5%、TFA：H2O=97.5%：2.5%
2）TFA：H2O：TIS=95%：2.5%：2.5%
3）三氟乙酸：茴香硫醚：1，2-乙二硫醇：苯酚：水=87.5%：5%：2.5%：2.5%：2.5%
（前两种适合没有容易氧化的氨基酸，例如Trp、Cys、Met。第三种适合几乎所有的序列。）
6、纯化冻干：使用液相色谱纯化，收集目标峰液体，进行冻干，获得蓬松的粉末状固体多肽。不过这时要取小样复测下纯度 是否目标纯度。
7、最后总结：
杭州专肽生物技术有限公司（ALLPEPTIDE https://www.allpeptide.com）主营定制多肽合成业务，提供各类长肽，短肽，环肽，提供各类修饰肽，如：荧光标记修饰（CY3、CY5、CY5.5、CY7、FAM、FITC、Rhodamine B、TAMRA等），功能基团修饰肽（叠氮、炔基、DBCO、DOTA、NOTA等），同位素标记肽（N15、C13），订书肽（Stapled Peptide）,脂肪酸修饰肽（Pal、Myr、Ste），磷酸化修饰肽（P-Ser、P-Thr、P-Tyr），环肽（酰胺键环肽、一对或者多对二硫键环），生物素标记肽，PEG修饰肽，甲基化修饰肽
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